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Les marqueurs moléculaires facilitent la sélection de caractères difficiles à évaluer et permettent d'accéder directement au polymorphisme au niveau de l'ADN. La sélection conventionnelle de l'orge devient critique lorsque la sélection est basée uniquement sur des données phénotypiques. L'objectif était d'analyser et de déterminer la distance génétique entre 12 génotypes d'orge cultivés dans sept localités du sud du Brésil. L'analyse moléculaire a été réalisée à l'aide de 16 marqueurs microsatellites et les caractéristiques de micromaltage ont été fortement influencées par l'environnement pour les différents sites/génotypes. En reliant les données génotypiques aux données phénotypiques, les génotypes qui se distinguaient en termes de qualité du malt apparaissaient dans les mêmes groupes en termes de diversité génétique. Cependant, en vérifiant la parenté entre les génotypes et la diversité génétique obtenue par les microsatellites, les distances génétiques ont permis d'identifier la formation d'un plus grand nombre de groupes par rapport aux résultats du micromaltage seul. Par conséquent, l'utilisation de ces marqueurs montre une plus grande spécificité et peut être utilisée immédiatement dans les programmes de sélection de l'orge.