El algodón es el cultivo de fibra más importante del mundo y sustenta la economía de varios países. El aceite de sus semillas es también una importante fuente de aceite comestible utilizado para cocinar. La planta del algodón se ve dañada por una serie de plagas de insectos que no solo reducen su rendimiento, sino que también perjudican su calidad. Los insectos evolucionan muy rápidamente con el paso del tiempo y se desarrollan nuevas razas, lo que supone una amenaza muy grave para la producción de algodón y un gran reto para los cultivadores. Para hacer frente a este reto, es inevitable desarrollar variedades resistentes a los insectos utilizando técnicas modernas de cultivo. El cultivo asistido por marcadores es una herramienta muy valiosa para los cultivadores de plantas, que puede utilizarse para desarrollar genotipos con la arquitectura genética deseada. El método requiere la puntuación de los rasgos fenotípicos y el genotipado con marcadores de ADN. Los datos de los marcadores de ADN se utilizan para cartografiar los QTL. Por lo general, las técnicas utilizadas para cartografiar los QTL en los cultivos son: cartografía de intervalos simple, cartografía de intervalos compuestos, regresión de marcadores, cartografía de intervalos compuestos simplificada, métodos bayesianos, análisis de locus de marcador único y cartografía de intervalos múltiples.
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