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O sistema de canais radiculares funciona como um 'santuário afluente' para o crescimento e sobrevivência da microbiota endodôntica. Isto é atribuído ao ambiente especial que os micróbios obtêm dentro dos canais radiculares. Embora a variedade de micróbios, tais como vírus e fungos, tenha sido isolada do sistema de canais radiculares, as bactérias são as mais frequentemente encontradas associadas a infecções endodônticas. Estas são as primeiras a chegar à polpa e a iniciar a reacção pulpar através da exposição directa da polpa, canais laterais/accessórios ou através da membrana periodontal e da corrente sanguínea. A cavidade oral é o lar de múltiplos micro nichos anatómicos que podem variar desde o nascimento até à velhice devido a alterações no ambiente oral; no entanto, sendo o canal radicular o espaço fechado abriga diferentes microbiota, incluindo microrganismos gram negativos e positivos. Para alcançar os melhores resultados com a terapia de canal radicular torna-se importante ter conhecimento sobre a microbiota residente e como combatê-la.