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Os microrganismos desempenham um papel inequívoco na infeção do sistema de canais radiculares. As infecções endodônticas ocorrem e progridem quando o sistema de canais radiculares é exposto ao ambiente oral por uma razão ou outra e, simultaneamente, quando há uma queda na resposta imunitária do organismo.O objetivo substancial da terapia endodôntica é criar um ambiente biologicamente adequado no interior do sistema de canais radiculares que seja propício à cicatrização e à manutenção da saúde dos tecidos perirradiculares. As bactérias são um dos principais factores que causam distúrbios nos tecidos pulpares, uma vez que invadem o espaço endodôntico através de uma variedade de vias, incluindo lesões cariosas, exposição pulpar traumática, utilizando a corrente sanguínea ou os tecidos adjacentes. As bactérias encontradas na patogénese das doenças endodônticas variam entre anaeróbios facultativos, aeróbios e as espécies mais resistentes, capazes de sobreviver a condições adversas no ambiente circundante. Utilizando a irrigação, a ação mecânica e as propriedades antibacterianas das soluções irrigantes, a erradicação das bactérias e o sucesso do tratamento pós-endodôntico estão assegurados.