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Uma melhor compreensão da viabilidade e virulência dos supostos patógenos endodônticos pode ajudar a explicar o mecanismo e as diferentes apresentações clínicas das infeções endodônticas e, por sua vez, contribuir para a identificação de alvos terapêuticos. Este estudo procura fornecer uma visão sobre a diversidade da microflora que infeta o sistema do canal radicular. Os seus fatores de virulência e a resposta do hospedeiro são discutidos juntamente com o mecanismo de estabelecimento das lesões pulpares e periradiculares. Os avanços atuais nos métodos moleculares de isolamento e deteção de microrganismos anteriormente não identificados foram discutidos detalhadamente, juntamente com o papel dos biofilmes nas infecções intra-radiculares e extra-radiculares.