La rabia es una encefalitis mortal que afecta a los mamíferos y se transmite mejor por animales con una dentición más compleja (dientes superiores e inferiores), debido al contacto con la saliva. La rabia transmitida por el Desmodus rotundus es una amenaza para el ser humano y los animales domésticos no vacunados, y se utiliza para controlar a los animales salvajes debido a su tasa de mortalidad. Sin embargo, el Desmodus debe estar infectado para transmitir la enfermedad a los animales que saquea en busca de comida o sangre y no a toda la manada, además de infectarse por la agresión de otros murciélagos infectados y no por la sangre de un animal ya enfermo. Recientemente se ha demostrado la posibilidad de propagar el virus a los mesocarnívoros a través del consumo de murciélagos enfermos o moribundos.
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