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La afectación hepática en la EC constituye un amplio espectro, con un continuo que va desde la afectación hepática moderada a la disfunción hepática grave. Se presenta en dos formas clínicas: hepatopatía criptogénica y hepatopatía disinmune. Los estudios epidemiológicos han demostrado que la prevalencia de la EC en pacientes cirróticos es mayor que en la población general. También se ha demostrado que la EC puede ser la causa de una hepatopatía criptogénica crónica, que puede mejorar tras la introducción de la TFG, incluso en la fase de cirrosis.