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Durante a puberdade, o hipotálamo liberta de forma pulsátil a hormona libertadora de gonadotropinas (GnRH), estimulando a síntese e a secreção da hormona luteinizante (LH) e da hormona folículo-estimulante (FSH) na pituitária anterior. Em mulheres com Amenorreia Hipotalâmica Funcional (AHA), observa-se supressão da GnRH, alterações na pulsatilidade da LH e diminuição dos níveis de LH e FSH, resultando numa produção ovárica reduzida de estradiol, progesterona e testosterona, acompanhada de anovulação e amenorreia. Esta perturbação do eixo hipotálamo-hipófise-ovário pode ser desencadeada por stress psicológico, perturbações alimentares, perda de peso ou exercício excessivo. Particularmente nos desportos de peso crítico, o exercício excessivo está associado à HAB, o que sublinha a importância da nutrição desportiva na sua prevenção e tratamento. O diagnóstico de FHA, associado a uma baixa disponibilidade energética, é um diagnóstico de exclusão, sendo frequentemente confundido com a síndrome dos ovários poliquísticos (SOP), o que pode levar a intervenções nutricionais inadequadas que dificultam a recuperação do ciclo menstrual e a saúde geral.