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A lo largo de los años, la sustitución parcial del diésel derivado del petróleo por biodiésel derivado de fuentes lipídicas y menos contaminantes se ha convertido en una realidad. Sin embargo, este aumento del biodiésel conlleva problemas tecnológicos que no se observaban cuando solo se utilizaba el diésel derivado del petróleo. Entre los diversos residuos encontrados destacan los compuestos de la reacción de esterificación, como los mono-, di- y también algunos triacilgliceroles sin reaccionar. Otros compuestos, como los esterilglicósidos presentes en el aceite de soja, que son solubles en solución lipídica, terminan insolubilizándose con la esterificación del ácido graso de su cadena, lo que acaba convirtiéndolos en un precipitado en los tanques de combustible. La presencia de estos componentes indeseables en el combustible provoca un aumento de la humedad y la proliferación de microorganismos que acaban formando biopelículas y dificultando la limpieza de los tanques de almacenamiento, además de provocar la obstrucción de los filtros de los vehículos que utilizan este tipo de combustible. En este trabajo se muestra un tratamiento de percolación en lecho fijo de bauxita termoactivada para la eliminación de estos contaminantes totales.