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El sistema inmunitario distingue dos grupos de sustancias extrañas. Un grupo está formado por antígenos que circulan libremente por el organismo. Se trata de moléculas, virus y células extrañas. Un segundo grupo está formado por células propias que presentan proteínas CMH aberrantes. Dependiendo del tipo de invasión extraña, se producen dos respuestas inmunitarias diferentes: La respuesta humoral (o respuesta mediada por anticuerpos) implica células B que reconocen antígenos o patógenos que circulan por la linfa o la sangre ("humor" es un término medieval para referirse al fluido corporal). En la respuesta celular participan principalmente células T y responde a cualquier célula que muestre marcadores MHC aberrantes, incluidas células invadidas por patógenos, células tumorales o células trasplantadas.