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Le système immunitaire distingue deux groupes de substances étrangères. Le premier groupe est constitué d'antigènes qui circulent librement dans l'organisme. Il s'agit notamment de molécules, de virus et de cellules étrangères. Le second groupe est constitué de cellules du soi qui présentent des protéines aberrantes du CMH. Selon le type d'invasion étrangère, deux réponses immunitaires différentes se produisent : La réponse humorale (ou réponse médiée par les anticorps) implique des cellules B qui reconnaissent les antigènes ou les pathogènes qui circulent dans la lymphe ou le sang ("humeur" est un terme médiéval pour désigner le liquide corporel). La réponse à médiation cellulaire implique principalement des cellules T et répond à toute cellule présentant des marqueurs aberrants du CMH, y compris les cellules envahies par des agents pathogènes, les cellules tumorales ou les cellules transplantées.