En lugar de enviar el oxígeno en el lado del cátodo, se envía la hidrogenasa, un activador de protones. Los iones de hidrógeno positivos, una vez que llegan al cátodo, se reúnen con los electrones y forman hidrógeno utilizando el activador de protones hidrogenasa. Este hidrógeno puede utilizarse posteriormente redirigiéndolo a la entrada como combustible, de forma que no sea necesario desperdiciar el hidrógeno formando agua. La formación de hidrógeno utilizando el activador de protones hidrogenasa a partir de los iones de hidrógeno y electrones es uno de los pasos de un método llamado Biofotólisis.
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