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Anstelle des Sauerstoffs wird auf der Kathodenseite die Hydrogenase, ein Protonenaktivator, eingesetzt. Die positiven Wasserstoffionen werden, sobald sie die Kathode erreichen, mit den Elektronen wiedervereinigt und bilden mit Hilfe des Protonenaktivators Hydrogenase Wasserstoff. Dieser Wasserstoff kann weiterverwendet werden, indem er als Brennstoff in den Einlass geleitet wird, so dass der Wasserstoff nicht durch die Bildung von Wasser verschwendet werden muss. Die Bildung von Wasserstoff mit Hilfe des Protonenaktivators Hydrogenase aus den Wasserstoffionen und Elektronen ist einer der Schritte einer Methode, die Biophotolyse genannt wird.