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O presente trabalho de pesquisa teve como objetivo principal avaliar a remoção de microcistina em escala de bancada. Estudou-se três concentrações diferentes de microcistina em fluxogramas de tratamento que tiveram como seqüência básica a etapa de clarificação (coagulação, floculação, flotação por ar dissolvido e centrifugação), complementados com pré-oxidação com permanganato de potássio, adsorção em carvão ativado e pós-cloração.Os ensaios de oxidação mostraram que o permanganato de potássio atua na oxidação da microcistina e outras substâncias orgânicas e ao mesmo tempo pode intensificar a lise celular liberando material intracelular oxidável ao meio. Os ensaios ainda mostraram que as substâncias húmicas atuam como competidoras com a microcistina pelo oxidante, sendo que tal relação traz efeitos positivos, ao evitar que uma parcela das células seja lisada; e negativos ao consumir parte do oxidante aplicado. A clarificação, unicamente, conseguiu remoções de microcistina de até 90,5%. A associação da clarificação com a pós-cloração e a adsorção conseguiu remoções de até 96% e 98,4%, respectivamente.