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Le colture sono colonizzate da complesse comunità microbiche e alcune di esse sono dannose e causano malattie, mentre altre promuovono la crescita delle piante e migliorano l'acquisizione di nutrienti e la tolleranza agli stress biotici e abiotici attraverso una moltitudine di meccanismi. I funghi o i batteri che crescono all'interno del tessuto vegetale senza causare alcun danno all'ospite sono definiti endofiti. Si associano alla maggior parte delle specie di piante che si trovano negli ecosistemi naturali e gestiti. Gli endofiti sono considerati come importanti partner delle piante che giocano un ruolo importante nel migliorare la tolleranza allo stress dell'ospite rispetto a quelli che mancano di tale simbiosi. La maggior parte degli endofiti si trova senza alcun effetto noto, ma numerosi batteri e funghi stabiliscono un'associazione mutualistica o patogena con la pianta ospite. Per lo più, il risultato delle interazioni dipende dai fattori ambientali, dal genotipo sia dell'ospite che del microrganismo interagente. Gli endofiti sono i microrganismi che colonizzano senza sintomi il tessuto vegetale vivente senza causare alcun effetto negativo immediato e manifesto sulla pianta.