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Come gli altri animali, gli uccelli hanno sviluppato un sistema immunitario in grado di rispondere e proteggersi da agenti patogeni come Escherichia coli, Salmonella sp. Pasteurella multocida, coronavirus e il virus dell'influenza aviaria A. Il sistema immunitario è generalmente diviso in due rami principali: le risposte immunitarie adattive (specifiche) e quelle innate (non specifiche). I componenti del sistema immunitario (adattivo e innato) comprendono linfociti T, linfociti B, macrofagi, cellule natural killer (NK), eterofili, basofili, diversi fattori di comunicazione umorale come eicosanoidi e citochine (ad esempio, interleuchine, interferoni, fattore di necrosi tumorale) e molecole effettrici (ad esempio, immunoglobuline, complemento, lisozimi, ossido nitrico). Inoltre, alcuni tessuti del corpo sono dedicati al supporto del sistema immunitario, come le cellule dendritiche, reticolari e stromali. La regolazione, l'interazione e la comunicazione tra i vari elementi della risposta immunitaria specifica e innata fanno sì che gli uccelli possiedano un sistema immunitario altamente sofisticato, in grado di proteggere dagli agenti patogeni invasori.