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Los países en desarrollo, como Brasil, vienen sufriendo un gran problema, que es la contaminación de sus fuentes de agua debido a la ausencia o mal funcionamiento de las plantas de tratamiento de aguas residuales, que acaban vertiendo al suelo y a los cursos de agua aguas con un alto potencial contaminante, deteriorando la calidad ambiental con efectos muchas veces irreversibles sobre el ecosistema acuático y riesgos para la salud humana. Para hacer frente a este problema, el uso de tecnologías basadas en microorganismos y/o agregados microbianos ha proporcionado un amplio abanico de estrategias útiles y prometedoras para degradar diversos tipos de contaminantes, como la materia orgánica y el nitrógeno, principales contaminantes de las aguas residuales y de interés para la eliminación y protección de las masas de agua. En este contexto, merece la pena evaluar la capacidad de eliminación de materia orgánica y nutrientes en el sistema convencional de fangos activados (fangos floculentos) y en el sistema granular aerobio alimentado con el mismo efluente, de forma que sea posible evaluar la eficiencia, fiabilidad y sostenibilidad de los reactores de biomasa floculenta y de fangos granulares, siendo esta última una nueva tecnología innovadora.