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O vírus da febre aftosa (VFA) é diagnosticado através de um teste de isolamento do vírus combinado com um teste ELISA de antigénio e, recentemente, com um RT-PCR de um passo. A utilização de RT-PCR fluorogénica está a ganhar cada vez mais importância para a deteção rápida do vírus da febre aftosa a partir de amostras clínicas que não podem ser processadas por testes regulares de isolamento do vírus e por ELISA de antigénio. A RT-PCR quantitativa em tempo real (qRT-PCR) combina a transcrição inversa com a amplificação por PCR e a deteção de amplificação positiva utilizando sondas fluorescentes como a sonda TaqMan ®. No presente estudo, a qRT-PCR baseada na sonda TaqMan® foi padronizada e utilizada para a deteção do genoma do vírus da febre aftosa a partir de amostras clínicas, incluindo secreções nasais, plasma e fluidos esófago-faríngeos (amostras probang). A padronização inicial foi efectuada utilizando diferentes diluições em série de um isolado de vírus da febre aftosa OTNN 24/84 (106,8 TCID50) e 102 vírus puderam ser identificados utilizando o TaqMan® qRT-PCR. Os padrões de ARN foram sintetizados in vitro a partir de um plasmídeo que contém 110 pares de bases da região 3D de um isolado de FMDV de tipo O. Foi efectuada uma diluição em série de dez vezes do ARN e utilizada como ARN padrão para gerar curvas padrão.