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Les tomates sont une source importante d'antioxydants tels que les caroténoïdes, notamment le lycopène et le bêta-carotène, la vitamine C, la vitamine E et les polyphénols tels que le kaempférol et la quercétine, qui ont une capacité notable à éliminer les espèces réactives de l'oxygène (ERO). La caractérisation et la quantification de la diversité génétique sont depuis longtemps un objectif majeur de la biologie évolutive. L'analyse de la variation génétique au sein et entre les matériaux de sélection d'élite présente un intérêt fondamental pour les sélectionneurs de plantes. Les marqueurs moléculaires se sont révélés être des outils puissants pour évaluer la variation génétique et élucider les relations génétiques au sein d'une même espèce et entre différentes espèces. Dans cette thèse, nous avons évalué les principaux composés phytochimiques de la tomate, en accordant une attention particulière aux composés jouant un rôle important dans la détermination de l'activité antioxydante et de la valeur nutritionnelle de la tomate. Nous avons également découvert les relations phylogénétiques entre les lignées de tomates à l'aide de marqueurs SDS-PAGE et RAPD.