Mit seinen neuroanatomischen und tierexperimentellen Studien wurde er zum Mitbegründer der modernen Neuromorphologie; das Forschungskonzept der "retrograden Degeneration" beschrieb er zur gleichen Zeit, aber unabhängig von A. Waller.
Bernhard von Gudden war Professor für Psychiatrie an den Universitäten in Zürich (1869 - 1872) und München (1872 - 1886). Weit über Fachkreise hinaus wurde sein Name bekannt durch seinen tragischen Tod: zusammen mit dem von ihm begutachteten und betreuten König Ludwig II von Bayern starb er am 13. Juni 1886 im Starnberger See.
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